消泡系統(tǒng)對(duì)好氧發(fā)酵過(guò)程是非常重要的。發(fā)酵罐的裝液量一般不能超過(guò)容器容積的70～80%，一方面，這是由于通氣后液面會(huì)有所上升;更重要的原因是，預(yù)留部分空間可以避免泡沫馬上沖出罐體，為消除泡沫提供一段緩沖的時(shí)間。一般對(duì)越容易產(chǎn)生泡沫的體系，裝液量要越少。發(fā)酵罐頂部有一個(gè)額外的攪拌槳，稱(chēng)為消泡槳，其作用就是通過(guò)機(jī)械作用消除泡沫。在多數(shù)情況下，僅憑消泡槳還不足以及時(shí)破壞所有的泡沫，因此通常還須進(jìn)一步采用添加化學(xué)消泡劑的方法消泡。

    植物油、聚醚類(lèi)非離子型表面活性劑都可以用于化學(xué)消泡，它們可以直接在配制在培養(yǎng)基中，也可以在發(fā)酵過(guò)程中根據(jù)需要加入，或者兩種策略同時(shí)使用。為了及時(shí)檢測(cè)泡沫是否達(dá)到預(yù)警高度，通常在發(fā)酵罐上方裝有液位電極，一旦泡沫達(dá)到相應(yīng)的高度，就可以通過(guò)消泡控制裝置自動(dòng)向反應(yīng)器中流加消泡劑。

    通氣系統(tǒng)由無(wú)菌空氣制備系統(tǒng)、空氣分布裝置和出口氣體除菌系統(tǒng)組成。無(wú)菌空氣制備系統(tǒng)是一套相對(duì)獨(dú)立的復(fù)雜系統(tǒng)，這里不做介紹。

    細(xì)胞生長(zhǎng)和代謝所需的無(wú)菌空氣通過(guò)空氣分布管引入發(fā)酵罐中。空氣分布管一般位于最下層的攪拌槳的正下方。為保證氣泡的分散，多采用帶小孔的環(huán)狀空氣分布管，環(huán)的直徑一般等于攪拌槳的直徑。在大型通氣攪拌罐中，攪拌槳尖附近的剪切力非常大，一般足以達(dá)到充分打碎氣泡的目的，為防止培養(yǎng)液中的固體物料或菌絲堵塞空氣分布管，對(duì)某些特殊的發(fā)酵體系有時(shí)采用向下開(kāi)口的單孔管。

    在一些簡(jiǎn)單的反應(yīng)器中，氣體的排出只是通過(guò)一個(gè)簡(jiǎn)單的閥門(mén)控制的。為避免染菌，必須調(diào)節(jié)空氣的排出閥以保證反應(yīng)器內(nèi)始終處于高于大氣壓的正壓狀態(tài)。一些精密的反應(yīng)器則配備了出口氣體冷凝裝置和過(guò)濾裝置。